在DNF（地下城与勇士）的宇宙观里，世界由创造之神卡罗索开辟，而十二位强大的存在——使徒，则因太初之光的碎片而被赋予无上力量。他们各自镇守一方，本应维持平衡，却因邪恶的预言师艾丽丝的暗示，被误认为是毁灭世界的元凶。人类国家德洛斯、贝尔玛尔、虚祖等因此联合讨伐使徒，冒险家便是这场战争中被选中的利刃。
剧情从阿拉德大陆的灾难开始。格兰之森的大火暴露了通往天空之城的通道，冒险家被引导至天界，又在机械革命中结识卡坤与凯丽，逐步知晓使徒的存在。第一个被讨伐的使徒是希洛克，她在悲鸣洞穴中因力量被剥夺而疯狂，最终死于冒险家之手。但她的凋零并非终结，反而揭开了使徒之间相互残杀的真相——使徒死亡时，其力量会回归寂静城，而幕后黑手赫尔德正试图以此复活卡罗索。
随着剧情推进，冒险家接连遭遇狄瑞吉、罗特斯、安徒恩等使徒。在暗黑城，狄瑞吉的瘟疫腐蚀了边境，冒险家与阿甘左并肩作战，最终以牺牲部分同伴的代价将其封印；在天界安特贝鲁峡谷，巨大的火焰吞噬者安徒恩盘踞在发电站上空，天界人被迫与冒险家合作，耗时数月才攻入其核心。每一场战斗都让人深思：这些使徒真的邪恶吗？罗特斯只想回归海洋，安徒恩不过是为了进食，而希洛克在被激怒前只是沉睡。
剧情的高潮发生在魔界。冒险家追随着赫尔德留下的线索，通过寂静城进入魔界，直面智慧型使徒、第二使徒赫尔德。她揭露了一切：所谓预言只是她的计划，十二使徒都是她复活卡罗索的祭品。而冒险家，正是她用来消灭使徒的工具。在魔界的中央公园，冒险家与卡恩相遇，这位第一使徒、拥有不死之身的战士，却因某种约定并未出手，只是冷眼旁观。最终，冒险家击败了被赫尔德控制的使徒们，但赫尔德的真正意图仍成谜，并且她与冒险家之间产生了复杂的道义纠葛。
在后续的番外剧情如“时空之门”和“曦光”中，冒险家通过时空裂缝看到了平行世界的毁灭，包括阿拉德被卡恩覆灭的悲惨结局。这些经历让冒险家逐渐明白，单纯的力量无法拯救世界，关键在于使徒与人类能否共存。而最近加入的剧情线中，神界与雾神之力的设定又为阿拉德带来了新的威胁，冒险家被迫再次踏上未知的旅程。
纵观DNF的剧情，它并非简单的正义战胜邪恶。每一个使徒都有其生存的权利，每一场讨伐都充满悲情。冒险家作为最强大的个体，却往往在命运推动下做出残酷选择。这种宿命论与人性挣扎，正是DNF故事区别于其他动作游戏的核心魅力，也是它历经多年依然吸引玩家去研究、去共鸣的原因。